Do zakresu zadań Centrum należy pomoc jednostkom Uniwersytetu Jagiellońskiego w procesie pozyskiwania środków i realizacji projektów współfinansowanych ze źródeł innych niż określone w art. 94 ust. 1 ustawy z dnia 27 lipca 2005 r. – Prawo o szkolnictwie wyższym, w szczególności z funduszy strukturalnych, programów Komisji Europejskiej, środków Ministerstwa Edukacji i Nauki, Fundacji na rzecz Nauki Polskiej, Narodowego Centrum Nauki, Narodowego Centrum Badań i Rozwoju.